מכון תל אביב לפסיכואנליזה בת-זמננו נוסד בשנת 1999 על-ידי קבוצת אנשי מקצוע בכירים במטרה לקדם את הטיפול והידע הפסיכואנליטיים ולתרום להפצתם בחברה הישראלית. המכון רואה עצמו כמסגרת לקהילה פלורליסטית לומדת, שיש בה מקום לאנשים בעלי גישות שונות, שהמשותף להן היא העניין בפרקטיקה, במחקר, ובפיתוח של הפסיכואנליזה.

המפגש הרישמי הראשון של העמותה, בו התכנסה לראשונה קבוצת המייסדים, נערך באוקטובר 1999. ד"ר מיכאל שושני, אשר יזם את הקמת המכון, זימן קבוצה של אנשי מקצוע בכירים שעיסוקם טיפול פסיכואנליטי, הוראה ומחקר. בהתכנסות הביעו המשתתפים את חזונם לגבי הקמת מכון פסיכואנליטי; מתכונתו ומטרותיו. מדיון זה התקבלה תמונה מגוונת; משאיפה ליצירת "פורום בלתי ממוסד" ועד משאלה להקים "מכון פסיכואנליטי מסורתי לפי כללי ה IPA. הדגש על למידה ממקום של חופש מירבי, על היבט חברתי ועל שאיפה לחיבור עם דיסציפלינות שונות, היה משותף לכל הגישות שהוצגו. בהמשך התגבש בסיס משותף אשר איפשר להקים מכון בעל גישה פלורליסטית ואינטרדיסציפינרית. על הבסיס הזה התארגנה קבוצת ההכשרה הראשונה בשנת 2000.

צוות ההיגוי הראשון של מכון תל אביב כלל בנוסף לד"ר שושני את ד"ר גילה עופר וגב' מיכל חזן שחברו ליוזמה בקיץ 1999 . פרופ' Stephen Mitchell התגייס בתיווכה של ד"ר בתיה שושני לתמיכה במכון, ותרם בצורה ישירה ובהתלהבות, לעיצוב פני ההכשרה בשלב זה. חברי הקבוצה המייסדת ובהמשך גם חברי קבוצת ההכשרה השניה (2002), שימשו ומשמשים בתפקידים מגוונים, והינם שותפים לבניית התשתית הרעיונית והאירגונית, כמו גם להתוויית תהליך הלימוד וליצירת האקלים של המכון בשנים אלו.

בשנים 2001 עד 2004 ד"ר גילה עופר כיהנה בתפקיד יו"ר העמותה וביוזמתה יושם המבנה הניהולי הנוכחי של העמותה, המורכב מיו"ר, הנהלה מצומצמת וועד מנהל המורכב מראשי הועדות. לצידה כיהנו גב' מיכל חזן וד"ר גבי מן במתכונת של הנהלה מצומצמת, אשר פעלה בשיתוף עם וועד מנהל, המורכב מראשי הוועדות הפועלות במכון: הוראה, קבלה, חברתית מדעית, אתיקה, כספים. בתקופה זו אושר תקנון העמותה אשר הוכן על ידי וועדת האתיקה והתקיים הכנס המכונן של המכון.

בשנים 2003 ו2004 הצטרפו קבוצות הכשרה נוספות.

בשנת 2004 החלה ד"ר גבי מן את תפקידה כיו"ר העמותה במבנה הנהלה דומה עם ד"ר דויד ואלד ומר קובי אבשלום .